四维彩超若是操作不当，也可能对胎儿的发育造成潜在伤害。实验证明，做彩超时探头会释放热能，连续半个小时放在老鼠肚子上，会出现细胞组织的改变。但正规医院的医生在筛查畸形时，探头不会在眼睛、生殖器、脊椎等部位，停留过长时间，一般是滑动操作，所以几乎没有什么风险。
可是在一些私立医院，为了捕捉胎儿在超声探头下皱眉、微笑的最佳影像，应患者的要求拍摄效果较佳的“胎儿写真”，操作者往往会将探头较长时间对着胎儿面部和眼睛，这肯定是不科学不安全的，或将对孩子未来的视力造成潜在的伤害，孩子长大后易得白内障。
此前，国际妇产超声学会和世界超声联合会曾联合发表声明，表示不赞成以提供胎儿纪念影像为单一目的的单一应用，因此应该避免以拍照为目的的超声检查，这样也避免了做四维彩超的潜在风险。
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